Le diagramme ci-dessus présente la structure hiérarchique de l'architecture des activités de programmes (AAP) des IRSC. Le mandat des IRSC est décrit au haut de l'AAP, suivi du résultat stratégique, décomposé selon les activités de programmes. Chaque élément de la structure hiérarchique est décrit comme suit.

Mandat des IRSC : Exceller, selon les normes internationales reconnues de l'excellence scientifique, dans la création de nouvelles connaissances et leur application en vue d'améliorer la santé de la population canadienne, d'offrir de meilleurs produits et services de santé, et de renforcer le système de santé au Canada.

Résultat stratégique 1.0 : Une entreprise de recherche en santé de renommée mondiale qui crée, diffuse et applique de nouvelles connaissances dans tous les domaines de la recherche en santé

Activité de programme 1.1 : Connaissances en santé
Sous-activité de programme 1.1.1 : Programme ouvert de subventions de recherche
Sous-activité de programme 1.1.2 : Programme d'essais contrôlés randomisés

Activité de programme 1.2 : Chercheurs en santé
Sous-activité de programme 1.2.1 : Programme d'appui salarial
Sous-activité de programme 1.2.2 : Programme d'appui à la formation

Activité de programme 1.3 : Commercialisation de la recherche en santé
Sous-activité de programme 1.3.1 : Programme de commercialisation de la recherche
Sous-activité de programme 1.3.2 : Programme des réseaux de centres d'excellence

Activité de programme 1.4 : Avancées en santé et dans les services de santé
Sous-activité de programme 1.4.1 : Initiatives stratégiques des instituts
Sous-activité de programme 1.4.2 : Programmes d'application des connaissances

Activité de programme 1.5 : Services internes