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Tableau 7 : Initiatives horizontales


  • Initiative de R-D en génomique (IRDG)

Titre de l'initiative horizontale : Initiative de R-D en génomique (IRDG)

Nom du ou des ministères responsables : Conseil national de recherches du Canada

Activité de programme du ministère responsable : Recherche et développement

Date de mise en œuvre de l'initiative horizontale : Avril 1999

Date de clôture de l'initiative horizontale : Mars 2011

Total des fonds fédéraux affectés (de la mise en œuvre à l'échéance) : 234,1 M$

Description de l'initiative horizontale (y compris de l'accord de financement) : L'Initiative de R-D en génomique (IRDG) a été lancée pour établir et maintenir une capacité de recherche en génomique au sein des ministères fédéraux. Véritable technologie habilitante, la génomique engendre des outils puissants et une information précise à l'appui des différents mandats exercés par ces ministères et sur lesquels peuvent être fondées les décisions prises en matière de politique publique et de réglementation. Les ministères et organismes fédéraux à vocation scientifique (voir la partie 10 ci-dessous pour une liste) interagissent avec des partenaires, des parties intéressées et des clients et établissent des liens entre ces technologies et ces outils habilitants et des applications à valeur ajoutée qui permettent à l'administration publique canadienne de s'attaquer aux priorités nationales, de s'acquitter des mandats de l'administration fédérale et d'appuyer la création de richesse pour les Canadiens.

Ces applications vont des tests génomiques exigés par les autorités internationales à l'égard de certains produits d'exportations à la capacité d'interpréter et d'évaluer l'information génomique présentée avec certains produits à des fins de surveillance réglementaire, en passant par le développement, au moyen de méthodes génomiques, d'essais et de produits visant à rehausser la qualité de vie des Canadiens et celle de l'environnement et la durabilité des activités humaines; par les considérations socio-économiques et éthiques liées à l'utilisation et à l'intégration de la génomique aux soins de santé, à la protection de l'environnement et aux produits et applications industriels et de consommation ainsi que par l'accessibilité accrue pour les Canadiens d'une information précise et compréhensible sur les sciences génomiques.

Résultats partagés : Amélioration de la qualité de vie des Canadiens grâce à une amélioration de leur santé et de leur sécurité, à l'assainissement de l'environnement et au développement social et économique grâce à la construction et au maintien d'installations de recherche en génomique à l'appui des objectifs clés de la politique publique fédérale et plus particulièrement a) de renforcer l'innovation et d'assurer la pérennité des avantages qu'en tirent tous les Canadiens en centrant la recherche dans des domaines stratégiques d'intérêt national sur un plan économique et social (notamment la santé, l'environnement, les ressources naturelles et l'énergie, la sécurité); b) de promouvoir la compétitivité mondiale du Canada et d'étendre son influence internationale en facilitant la commercialisation du fruit des activités de recherche et en augmentation l'efficacité de la réglementation; c) de multiplier les débouchés économiques grâce à la R-D en établissant des collaborations entre entreprises, universités et organismes publics au Canada et à l'étranger.

Structures de gouvernance : Afin de s'assurer que l'État tire le maximum de ses investissements, l'IRDG s'est dotée d'un cadre de gouvernance visant à accroître la responsabilisation et à faire en sorte que les investissements ont véritablement une incidence favorable sur la vie des Canadiens. Un comité de coordination interministériel de SMA sur la R-D en génomique a été créé afin de superviser la gestion collective et la coordination de l'Initiative.

Le comité s'assure aussi de la mise en place de mécanismes efficaces de fixation des priorités au sein des ministères et veille à ce que les investissements soient bien ciblés et répondent à une stratégie bien définie. Le comité s'assure par ailleurs que des principes de gestion courants sont appliqués et qu'une collaboration horizontale entre les organisations est maintenue chaque fois que cela est pertinent et possible. Le comité comprend des membres de chacune des organisations touchant des fonds ainsi qu'un représentant d'Industrie Canada.

Un groupe de travail interministériel appuie les travaux du comité. Le mandat du groupe de travail consiste à formuler des recommandations au comité de coordination des SMA et à le conseiller sur l'établissement des priorités stratégiques et la gestion globale de l'Initiative de R-D en génomique. Le groupe de travail appuie également les évaluations et contribue au respect des exigences de communication de l'information liées à l'Initiative. Le CNRC, en tant qu'organisme responsable de l'Initiative, préside le Comité de coordination des SMA et le groupe de travail.

(en millions de dollars)
Partenaires fédéraux Activités de programme (AP) des partenaires fédéraux Noms des programmes des partenaires fédéraux Affectation totale (de la mise en œuvre à la clôture) Dépenses
prévues
2008-2009
Dépenses
réelles
2008-2009
Résultats
prévus
2008-2009
Résultats
obtenus en
2008-2009
Conseil national de recherches Canada (CNRC) Recherche et développement Initiative en génomique et en santé 71 6 6 Voir point 1 ci-dessous Voir points 1.1 et 1.2
Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) Innovation et renouvellement Projet canadien de génomique des plantes cultivées 71 6 6 Voir point 2 Voir points 2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 2.5 2.6 et 2.7
Pêches et Océans Canada (POC) Aquaculture Programme de R-D en biotechnologie et génomique aquatiques 10 0,9 0,9 Voir point 3 Voir points 3.1, 3.2, 3.3, 3.4 et 3.5
Santé Canada (SC) Produits de santé Initiative de génomique de SC/ASPC 46 4 3,5 Voir point 4 Voir points 4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 4.5, 4.6 et 4.7
Ressources naturelles Canada (RNCan) Connaissance pour les Canadiens sur les ressources naturelles et la masse continentale Initiative de R-D en génomique de RNCan SCF 23 2 2 Voir point 5 Voir points 5.1, 5.2, 5.3, 5.4 et 5.5
Environnement Canada (EC) Les Canadiens adoptent des habitudes de consommation et de production durables Applications stratégiques de la génomique à l'environnement 12 1 1 Voir point 6 Voir points 6.1 et 6.2
Instituts canadiens de recherche en santé (ICRS) S. o. - Allocation ponctuelle versée en 1999-2000 pour faciliter la création du Secrétariat de Génome Canada S. o. 0,5 S. o. S. o. S. o. S. o.
Total 234,1 19,9 19,4    

Points :

1. Des progrès commerciaux pertinents dans le domaine de la R-D en génomique liée à la santé humaine (par exemple, tests génétiques, diagnostics, applications microbiennes de la génomique, traitement et prévention des maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et détection des pathogènes)

1.1 Dispositifs intégrés permettant de diagnostiquer rapidement au point de service les pathogènes en s'appuyant sur leur signature génomique. Le succès de ces appareils repose sur la création de micropuces de détection possédant la sensibilité et la capacité d'analyse requises pour permettre des décisions cliniques judicieuses. En 2008-2009, l'équipe des biopuces a développé les conditions permettant simultanément l'amplification par la polymérase et l'hybridation des molécules cibles sur les puces, ce qui permet la détection d'un pathogène grâce à la présence de moins de cinq molécules de sa séquence d'ADN, et ce, avec une précision permettant de distinguer une discordance d'un seul nucléotide. Ces progrès portent la sensibilité de la micropuce à l'intérieur de la fourchette clinique utile de moins de dix molécules de pathogène par micropuce et représentent une percée dans la concrétisation de l'amplification par polymérase, de l'hybridation et de la détection d'échantillons en temps réel.

1.2 En ce qui concerne le cancer, le projet de l'IGS a pour objectif de dresser une liste d'agents protéiniques capables de cibler des tumeurs cancéreuses et qui pourraient éventuellement servir à la création de médicaments contre le cancer. Le 7 juillet 2008, Alethia Biotherapeutics, une société canadienne de biotechnologie engagée dans la recherche et le développement de médicaments dans le domaine des besoins médicaux non comblés, a signé une option en vue de l'acquisition d'une licence sur des anticorps monoclonaux spécifiques de la clustérine (AcM) développés par l'équipe du projet. En 2008-2009, des études sur des animaux vivants ont démontré que trois des anticorps de la clustérine (AcM) réduisent de manière importante la production de nodules métastatiques. De plus, on a réussi à isoler un peptide favorisant l'agglutination de la clustérine qui a démontré son efficacité comme agent d'imagerie optique des cellules tumorales dans des modèles animaux. Une demande de brevet provisoire a été déposée.

2. Augmentation de la valeur des cultures de céréales, de fèves de soya et de canola grâce à des améliorations de la qualité dans des domaines liés à l'adaptation des plantes, au stress biotique et abiotique (par exemple, résistance aux maladies, tolérance à la sécheresse et au froid) ainsi que du développement des semences et des métabolismes (liés notamment au contenu oléagineux pour les biocarburants et les applications nutraceutiques)

2.1 Des chercheurs en génomique d'AAC ont obtenu des fonds de l'IRDG pour participer à un projet conjoint du Canada et de l'Allemagne. Un scientifique d'AAC et son collègue allemand ont codirigé un groupe de scientifiques canadiens et allemands venant de milieux universitaires, d'organismes publics et d'entreprises privées dans le but de trouver des solutions pour lutter contre la contamination du blé au fusarium. La contamination au fusarium est un problème qui nuit à la culture des céréales partout dans le monde et qui peut entraîner des pertes importantes de rendement en plus de contribuer à l'accumulation de toxines dans le grain. L'équipe utilise une combinaison de méthodes de génomique et de sélection pour mieux comprendre la maladie et développer de nouvelles variétés de blé capables d'y résister pour les producteurs des deux pays. En 2008, à la suite des progrès accomplis par l'équipe dans l'établissement des types de blé ayant une résistance accrue au fusarium, celle-ci a reçu un prix de la ville de Freising en Allemagne.

2.2 Au sein d'une équipe de 23 chercheurs venant de 6 pays, des scientifiques d'AAC ont contribué à la construction d'une carte physique du chromosome 3B du blé, la première étape vers le séquençage du premier chromosome du blé. La taille de chaque chromosome du blé équivaut approximativement à la taille du génome complet du riz, et le séquençage de son génome est donc un projet colossal. Le savoir-faire d'AAC en cartographie génique a été mis à contribution par des collègues de l'INRA (France) afin de classer plus de 1 400 marqueurs génétiques du chromosome 3B, un travail préalable essentiel au classement de clones chromosomiques bactériens artificiels (BAC) et de contigs, puis à la préparation des activités futures de séquençage du chromosome. Ces travaux ont fait l'objet d'un article dans la prestigieuse revue Science.

2.3 En 1975, un facteur de virulence important de la phytophtoriose des racines de la fève soya a été décrit. Malgré les nombreux efforts déployés au cours des 35 dernières années, nul n'a été capable d'identifier ce facteur de manière concluante jusqu'à ce que les scientifiques d'AAC établissent la séquence génétique et la description du facteur Avr1a en 2009. L'identification d'Avr1a s'ajoute à la liste croissante des facteurs Avr du soja qui ont récemment été identifiés. Cette découverte des facteurs Avr a été rendue possible par des changements technologiques et notamment par les progrès accomplis dans le séquençage des génomes et dans l'avancement du savoir que ces progrès créent. L'isolement du P. soja Avr1a est une réussite remarquable, compte tenu de sa longue histoire dans la pathologie moléculaire des plantes, mais, encore plus important, l'identification des gènes Avr dans le Phytophthora sojae contribueront au diagnostic des éléments pathogènes et au développement de cultivars résistants pour l'une des cultures les plus importantes du monde. Cette information génétique importante permettra l'élaboration d'une méthode plus rationnelle de sélection des plants de soja, de diagnostic et de déploiement des cultivars qui elle-même mènera à une meilleure compréhension des mécanismes de la maladie et de la manière dont il sera possible de la contrôler.

2.4 Champignon pathogène à la source de maladies graves du blé, de l'orge et du maïs, le Fusarium Graminearum produit un certain nombre de métabolites toxiques ou de mycotoxines qui s'accumulent dans le grain infecté. S'appuyant sur une méthode axée sur la protéomique, les chercheurs d'AAC ont été en mesure d'identifier des centaines de protéines du fusarium présentes lorsque le champignon est induit afin de synthétiser ces mycotoxines. Les quantités relatives de 72 protéines ont augmenté de manière importante avec l'induction des mycotoxines et ont fourni des pistes de solution dans la recherche des mécanismes et des marqueurs de la maladie et permis la découverte de nouvelles cibles antifongiques.

2.5 Le Sclerotinia Sclerotiorum est un pathogène nécrotrophe des plantes qui infecte d'importantes cultures agricoles dont le canola (Brassica Napus), le soya (Glycine max) et le tournesol (Helianthus Annuus) (Boland et Hall, 1994). Ce pathogène sécrète toute une batterie d'enzymes qui détruisent le tissu des plantes : de la polygalacturonase (PG), des lyases de pectine, des méthyles de pectine et des estérases d'acétyle qui dégradent la pectine des plantes. Le génome de la plupart des plantes comprend dans son code un ensemble limité de protéines inhibitrices du polygalacturonase (PGIP) qui peuvent désactiver le polygalacturonase secrété par les pathogènes. Les scientifiques d'AAC ont caractérisé un ensemble diversifié de 16 gènes des PGIP du Brassica Napus. Plusieurs gènes du BnPgip ont réagi à l'infection au S. sclerotiorum ou à d'autres sources de stress et molécules de signalisation. Le grand nombre de gènes des PGIP et les différentes manières dont ils sont pris en charge assurent vraisemblablement que B. Napus peut répondre aux attaques d'un large spectre de pathogènes et d'organismes nuisibles. Ces gènes sont actuellement examinés afin d'établir leur capacité de créer de la résistance aux maladies causées par les pathogènes fongiques.

2.6 Les baculovirus sont particuliers à certains insectes et il est avéré qu'ils sont des agents efficaces de contrôle des insectes non nuisibles pour l'environnement et les humains. Comme les baculovirus ont été identifiés dans de nombreux insectes ayant des retombées économiques importantes, ils représentent une ressource importante dans le développement futur d'insecticides organiques. Le baculovirus Autographa Californica Nucleopolyhedrovirus est celui qui possède le plus large éventail d'organismes hôtes connus. Les recherches ont porté sur les principaux gènes que la génomique des baculovirus a identifiés comme présents dans toutes les espèces de baculovirus dont la séquence génétique a été complètement établie à ce jour. La conservation de ces gènes laisse croire que ceux-ci jouent un rôle crucial dans la reproduction du virus. En produisant des virus où ces gènes (ac142 et ac143) ont été supprimés du génome, nous avons démontré qu'ils sont essentiels à la reproduction du virus. L'un d'entre eux, le ac142, semble jouer un rôle essentiel dans le recrutement à même la membrane moléculaire des particules de virus, une propriété unique du virus. Ces études contribueront à une meilleure compréhension de la base moléculaire des maladies causées par les baculovirus et mener à une utilisation améliorée de ces agents naturels pour contrôler les populations d'insectes.

2.7 L'équipe du projet Huile biorenouvelable pour la nourriture et le carburant du CNRC travaille actuellement à la caractérisation de 29 gènes qui pourraient jouer un rôle important dans l'amélioration du rendement des cultures de canola. Les gènes candidats d'élite seront intégrés à la phase de précommercialisation. Cinq prototypes ont fait l'objet d'essais sur le terrain au cours de la première année en collaboration avec AAC. Comparativement aux populations de contrôle, les deux prototypes ont confirmé qu'ils amélioraient la teneur en huile et un prototype a confirmé qu'il causait une floraison précoce et augmentait la taille des graines. Les résultats sommaires du programme comprennent la publication de 11 articles dans des revues à comité de lecture, 18 autres publications, présentations ou chapitres de livre et une demande de brevet. Les directeurs de ce programme ont établi une collaboration internationale formelle avec des chercheurs d'Allemagne, des Pays-Bas, de la Chine et de l'Inde dans des domaines directement liés aux objectifs du programme.

3. Gestion durable des ressources aquatiques par le recours à des outils en génomique afin : de gérer les dates d'ouverture de la saison des pêches; de générer une meilleure compréhension de la génétique et de la structure des populations; d'approfondir la compréhension des réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l'environnement et par la gestion des maladies des animaux aquatiques

3.1 Gestion des dates d'ouverture de la saison des pêches - Le MPO continue d'amasser de l'information afin de comprendre les modifications du comportement des stocks de poissons attribuables au changement climatique et à la pollution. Des outils de génomique, dont le profilage de l'expression des gènes, sont actuellement utilisés par le MPO pour déterminer les changements physiologiques au cours de la migration précoce vers le cours d'eau d'origine, changement de comportement qui a été observé chez le saumon rouge de montaison tardive du Fraser. Ces recherches contribuent directement à la gestion des dates d'ouverture de la saison des pêches en s'appuyant 1) sur l'utilisation de la technologie fonctionnelle en génomique dans la gestion des pêches, 2) sur l'utilisation d'organismes sauvages dans des projets de recherche écologique à grande échelle en génomique.

3.2 Meilleure compréhension de la génétique et de la structure des populations - S'ajoutant à des travaux antérieurs, plusieurs nouveaux projets ont été entrepris afin de comprendre la structure de la population de différentes espèces d'importance socioéconomique dont le saumon sauvage, le capelan, le sébaste, l'omble de l'Arctique et le bélouga.

3.3 Approfondissement de la compréhension des réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l'environnement - Des biomarqueurs prédictifs sont actuellement mis au point pour surveiller les gènes pertinents, ce qui permettra aux gestionnaires de prévoir, avant le début de la saison, le comportement migratoire ainsi que le taux de survie du saumon du Pacifique et, ce faisant, de surveiller les effets du changement climatique et de la pollution.

3.4 Gestion des maladies des animaux aquatiques - Le MPO continue d'étudier les maladies des animaux aquatiques d'importation, comme la fonction immune du saumon et la résistance au virus de l'anémie infectieuse du saumon (AIS), un pathogène important du saumon de l'Atlantique. Les mécanismes viraux menant à la mort des poissons ou à leur survie et à leur résistance ne sont pas bien compris au niveau immunitaire et moléculaire. Un autre projet vise à utiliser la génomique fonctionnelle pour caractériser les réactions des salmonidés au pou du saumon, un parasite qui cause bien des préoccupations aux éleveurs de saumons du Pacifique.

3.5 Surveillance et atténuation des effets des contaminants environnementaux, y compris les espèces envahissantes - De nouveaux projets ont été entrepris pour surveiller et atténuer les effets des contaminants environnementaux. Un projet vise à caractériser les populations microbiennes de l'eau extraite et leur influence sur la communauté microbienne dans l'environnement marin autour de la plateforme de production pétrolière Hibernia. Un autre projet se penche sur l'application de marqueurs génétiques afin de résoudre les problèmes d'identification des espèces et de structure des populations des espèces invasives de tuniciers.

4. Positionnement du système de réglementation canadien en santé de manière à permettre l'innovation tout en minimisant les risques pour les Canadiens grâce à un programme de R-D en génomique ciblée visant à accroître la capacité du Canada dans des domaines prioritaires comme l'information génétique, les produits biotechnologiques, la génomique humaine et microbienne ainsi que la santé humaine, animale et environnementale

4.1 Génomique moléculaire appliquée à l'évaluation des risques causés par les rayonnements : Des systèmes d'exposition personnalisée spécialisés ont été construits et caractérisés pour les champs de radiofréquence (RF) et les rayons alpha dans le cadre de ce projet. L'expression génétique différentielle a été évaluée sur trois lignées cellulaires dérivées de cellules humaines après exposition à des rayons alpha. Une liste des gènes réagissant aux rayons alpha a été générée et validée par la technique de l'ADNc-PCR.

4.2 Applications de la toxicogénomique et de la protéomique en santé environnementale. Identification de biomarqueurs et de leurs effets sur les carcinogènes mutagéniques dans des matrices environnementales. La détection de l'expression génétique réagissant à de faibles concentrations de gaz d'échappement de diesel (SRM 1650b) au moyen de micropuces à haute densité est terminée et l'analyse de bio-informatique est en cours. De plus, des crédits accordés à la génomique sont utilisés pour former d'autres employés de SC. Treize protéines ont été identifiées dans des biomarqueurs potentiels de l'exposition à des carcinogènes mutagéniques dans des matrices environnementales complexes. La confirmation et la validation de la méthode sont actuellement à l'étude.

4.3 Développement et validation d'outils toxicogénomiques et démarches axées sur des systèmes biologiques intégrés dans la réglementation de la toxicologie : confirmation et validation des changements d'expression génétique mesurés à la suite de l'administration de faibles doses (environnementalement pertinentes) et développement plus poussé du NOTEL (pas d'effet observable au niveau de la transcription) dans des doses inférieures à celles nécessaires pour induire des changements histologiques ou biochimiques. Les méthodes de recherche suivantes ont été développées pour identifier les biomarqueurs et les étudier. Validation technique de micropuces d'ARN : corrélation entre plateformes, stockage des échantillons, développement de programmes de contrôle et d'assurance de la qualité et analyse statistique. Validation biologique de mutations in vitro pour la sélection de lignées cellulaires (FE1) au moyen de microréseaux d'ADN - comparaison de la réaction in vitro par rapport à la réaction in vivo. Établissement de l'activité biologique et des similitudes et des différences des cellules in vivo afin d'améliorer l'interprétation des données acquises lors de l'observation des systèmes in vitro. Utilisation de la méthode ChIP-chip pour identifier les régions de l'ADN qui lient les récepteurs thyroïdiens dans le cerveau de souris en développement. De nouveaux essais sur des gènes rapporteurs sont en cours de développement afin d'identifier certains produits chimiques qui agissent pendant l'interruption du fonctionnement des TH. Exploration des effets sur la santé cardiopulmonaire de nanoparticules inhalées in utero (en continu) et chez l'adulte, et induction de réactions en phase aiguë.

4.4 Des recherches sur les réactions génétiques des cellules épithéliales du côlon aux fibres alimentaires se sont amorcées. Les changements qui se sont manifestés dans les bactéries intestinales serviront à déterminer quelle influence ces changements peuvent avoir sur les réactions colonocytes. Ce travail est aussi porteur de développements méthodologiques pour des travaux ultérieurs sur ce système.

4.5 Des lignées cellulaires exprimant un certain nombre de protéines virales immunomodulatoires ont été construites. Parmi les protéines exprimées, mentionnons la protéine NS1 du virus de l'influenza et les protéines HCV NS3/NS4a. L'expression génétique de micro-ARN a été déterminée pour ces lignées cellulaires et un certain nombre de micro-ARN déréglés ont aussi été identifiés. Les micro-ARN exprimés par des microglies dans le cerveau de souris infectées par des prions ont aussi été identifiés. Les cibles potentielles d'un de ces micro-ARN ont été identifiées au moyen d'une combinaison d'analyses génomiques fonctionnelles.

4.6 Des prototypes de gènes et des dosages sur microréseaux pour établir le génotype d'échantillons de Campilobacter jejuni ont été développés et testés et sont actuellement déployés pour effectuer une analyse épidémiologique moléculaire de différents ensembles de données et utilisés pour enquêter sur la variabilité du génome dans des isolats virulents de C. jejuni qui sont très courants dans les cas cliniques humains.

4.7 Des travaux ont été entrepris pour générer, résumer et traduire le nouveau savoir sur la génomique humaine et les pathogènes et dans les sciences connexes (protéomique, transcriptomique, bio-informatique, etc.) afin de resserrer la surveillance des maladies infectieuses, les prévenir et les contrôler au moyen de certaines applications (diagnostics, évaluation des risques moléculaires, vaccins, stratégies d'intervention, atténuation de la résistance antimicrobienne) et afin de développer des applications pour diagnostiquer et prévenir les maladies et promouvoir la santé par une sélection génétique prédictive ou une modulation des interactions gène environnement.

5. Connaissance accrue du phénomène de régénération des forêts et des méthodes de protection de la forêt ainsi que sur les méthodes d'atténuation des retombées environnementales grâce à un effort ciblé de R-D en génomique sur certaines espèces et sur les caractéristiques qui sont d'une importance économique pour le Canada

5.1 La production de méthodes de contrôle biologique efficaces fondées sur la génomique exige la compréhension des interactions entre l'hôte et le pathogène. De nouvelles ressources en génomique ont été créées par les chercheurs du SCF pour lutter contre deux organismes nuisibles indigènes et un organisme nuisible étranger envahissant. Huit bibliothèques d'ADNc ont été ainsi créées : une pour le lymantridé blanc, deux pour l'arpenteuse de la pruche et cinq pour l'agrile du frêne. D'autres recherches sur des espèces d'organismes nuisibles ont permis de découvrir l'existence de microsporidies, un groupe d'insectes pathogènes unicellulaires du dendroctone du pin ponderosa dans quatre des dix lieux de collecte et au sein d'une population d'agriles. Plusieurs isolats de pathogènes fongiques ont été découverts dans des collections au champ de dendroctones du pin ponderosa venant d'anciens sites infestés. De plus, des amorces ont été développées pour différents virus d'espèces de coléoptères.

5.2 Les premières preuves démontrent que la coévolution d'insectes et de leur virus entraîne une codépendance des protéines en interaction pour initier et installer l'infection dans l'organisme hôte. Des recherches sur le virus dérivé de l'occlusion de la tenthrède du sapin baumier ont mené à l'identification de 18 protéines dont 3 sont entièrement nouvelles.

5.3 S'appuyant sur le relevé du génome effectué par des scientifiques de RNCan en 2007-2008, une analyse du QTL (locus quantitatif) a été effectuée et il a été établi que l'éclosion des bourgeons, le bourgeonnement et les caractères de croissance sont surtout contrôlés par les régions génomiques 7, 14 et 9 respectivement. Les résultats de l'analyse du QTL sont en voie d'être précisés au moyen d'analyses d'association. Une carte génétique à haute densité de l'épinette blanche est en cours d'élaboration afin de positionner 1 800 des 28 000 gènes (identifiés dans le cadre du projet Arborea). Cette carte servira de point de départ à l'élaboration d'une carte physique de l'épinette.

5.4 En ce qui concerne l'épinette blanche, 214 gènes candidats ont été évalués comme hautement prioritaires et sont actuellement utilisés pour faire de la recherche sur des variantes dans des études d'association. Les études exploratoires ont identifié 6 à 20 PNS associés d'assez près à l'un des 25 caractères du bois sur lesquels porte la recherche. Des amorces d'épinette blanche ont été testées sur l'ADN de l'épinette noire, permettant d'identifier plus de 1 800 PNS. Les amorces ont été conçues pour des gènes candidats liés à la formation du bois.

5.5 En 2008-2009, on a découvert de nouvelles interactions entre le pin blanc et la rouille vésiculeuse et on a identifié des protéines et des gènes associés à la résistance à la maladie. En collaboration avec le USDA-FS et le ministère des Forêts de la Colombie-Britannique, plusieurs gènes candidats du pin blanc ont été soumis à des recherches visant à trouver des polymorphismes nucléotidiques simples (PNS) et à associer génétiquement ces PNS aux phénotypes associés à la résistance dans de multiples familles de pin blanc dont le phénotype est connu pour exprimer une résistance quantitative. La recherche sur le douglas de Menzies a permis d'identifier des protéines liées aux mécanismes de défense des racines infectées par la carie jaune annelée. D'autres tests sont en cours sur 45 gènes ayant une fonction pathogène potentielle.

6. Développement d'applications en génomique afin d'appuyer les activités de réglementation et d'application de la loi dans des domaines clés comme les évaluations de risques environnementaux et la gestion de ces risques; l'application et la conformité à la réglementation; la détection, la surveillance et la prévention de la pollution; la conservation et la génétique de la faune; les prévisions technologiques et les évaluations et le développement responsable et durable ainsi que l'utilisation des produits biologiques et de processus industriels

6.1 En 2008-2009, EC a fait des progrès significatifs dans l'application des outils et des données génomiques générés dans le cadre de l'IRDG. Au moyen des crédits accordés à cette dernière, EC a notamment développé une technique permettant d'effectuer sur place des tests sur la pathogénicité et la toxicité de substances microbiennes dans les sols, ce qui a contribué à la validation d'un nouveau guide national produit en vertu de la Loi canadienne sur la protection de l'environnement. EC a également développé et appliqué des méthodes génomiques dans ses recherches sur la toxicité de certains contaminants environnementaux sur les communautés microbiennes aquatiques. Ces recherches ont mené à l'application d'outils et de méthodes d'évaluation des substances prioritaires et des contaminants en émergence, comme les produits de soins personnels et les produits pharmaceutiques. Les recherches menées par EC sur la faune ont généré des données scientifiques (génomiques) sur lesquelles les décisions de conservation et de gestion de la faune (notamment des espèces d'oiseaux suivantes : paruline polyglotte, population d'oies de l'Ontario, les pies-grièches migratrices, etc.) ont été fondées (tant au niveau provincial que fédéral).

6.2 En 2008-2009, EC a eu recours à de nombreuses méthodes environnementales fondées sur la génomique :

  • Application de la génomique à la surveillance des sources microbiennes : identification de marqueurs génétiques particuliers dans le cadre de la lutte contre la pollution des milieux aquatiques causée par les matières fécales animales.
  • Application de la génomique aux évaluations de risques environnementaux.
  • Validation d'outils génomiques servant à prédire les effets environnementaux : réaction des poissons aux sédiments contaminés.
  • Élaboration et validation d'un réseau écotoxicogénomique pour le homard (établissement de corrélations entre le profil d'expression génétique et les points finaux toxicologiques conventionnels de l'exposition à des contaminants, les effets histologiques et les changements comportementaux.
  • Sécurité environnementale de la biotechnologie à l'égard des écosystèmes aquatiques : effet des cultures transgéniques et de consortiums de bactéries commerciales pour les invertébrés aquatiques.
  • Application de la génomique à la surveillance de la santé et des activités des communautés microbiennes dans les sols contaminés et les environnements riverains soumis à des stress.
  • Technologies d'expression génétique : application de la génomique à la toxicologie de la faune.
  • Application des méthodes de la génomique et mesure au point final pour des tests toxicologiques aquatiques et la surveillance des effets environnementaux.
  • Développement et application de nouvelles techniques axées sur la génomique pour la détection des microorganismes environnementaux et l'évaluation de la toxicité chronique des eaux usées.
  • Développement et normalisation des méthodes d'essai s'appuyant sur des techniques de génomique environnementale.
  • Comportement reproducteur et histoire de la population de la paruline polyglotte, un oiseau qui figure sur la liste des espèces protégées en Colombie-Britannique.
  • Établissement de techniques d'évaluation moléculaires des maladies infectieuses en émergence chez les organismes amphibiens autochtones : comparaison des techniques d'échantillonnage et de laboratoire.
  • Diversité génétique comparative des pies-grièches migratrices sauvages et de celles vivant en captivité
  • Génétique de la conservation de l'océanite cul-blanc.
  • Caractérisation génétique de souches de Pasteurella multocida isolées à partir d'éruptions de choléra aviaire à grande échelle partout au Canada.
  • Discrimination dans la récolte d'oies de l'Ontario au Canada.
  • Caractérisation et séquençage du virus de l'influenza aviaire chez les oiseaux de l'Est de Terre-Neuve.
  • Hybridation entre les loups ordinaires de l'Est (Canis lupus lycaon) et d'autres canidés : exemple d'évolution contemporaine dans les paysages modifiés par l'homme.

Commentaires sur les écarts :

L'écart était imputable au fait que les fonds n'étaient pas gérés avant l'approbation de la présentation au Conseil du Trésor (en septembre) et que Santé Canada ne les a pas transférés à l'ASPC avant décembre 2008. Par conséquent, les projets de l'ASPC n'ont commencé qu'en janvier 2009 (3 mois d'activités plutôt que 12). Toutefois, ces crédits ne seront pas perdus puisqu'ils ont été récupérés grâce aux reports annuels autorisés auxquels l'ASPC a droit (soit 5 %), ce qui porte les dépenses de la première année à 93,2 %. Les dépenses de l'année 2 seront équivalentes au total de celles de l'année 1 et de l'année 2.

Résultats à atteindre par les partenaires non fédéraux (le cas échéant) : S. o.

Personne-ressource :

Gary Fudge, ing.
Directeur, Initiatives horizontales des sciences de la vie
Conseil national de recherches Canada
613-949-0542